就在周游与吟游诗人寻找天秤偶遗迹与宇宙中最宝贵的事物期间，遥远的城都地区的桧皮镇于昨晚的深夜中失踪了几个人。
当人们与钢铁先生带着君莎在第二天赶至森林寻找时，只发现了不知是谁挖出来的一堆大坑。
根据其他人的证言，镇民们大致确认，一共有7个人在森林之中消失了……
……
耀眼的绿光遮蔽视线，带来了强烈的嗡鸣与晕眩。
当这一切结束，小智睁开眼睛时，发觉自己周围的环境产生巨变，似乎是来到了另一片森林。
从栎树林深处发出的绿光，突然改变的位置，原来所谓在森林中永远迷失的真相是被森林之神的力量转移到了其他地方吗？
小智摇了摇头，现在不是考虑这点的时候。
“皮卡丘！我在这里！皮卡丘！”
皮卡丘不见了！
小霞小刚金黄水晶还有那个红发的少年也不见了！
“小霞！小刚！”
然而无论再怎么大喊，附近也没有熟悉的声音与身影，就好像只有自己被丢到了这里一样。
小智连忙确认腰间的精灵球是否安然无恙，好在其他精灵都还在里面休息。
这样一来就能让精灵帮忙寻找皮卡丘和其他人了，因而他立刻放出了名叫比雕的大比鸟。
“比雕，拜托你在天上飞一圈，找找皮卡丘和小霞、小刚他们在不在附近。”
比雕闻言点了点头，随即振翅一飞冲天。
留在地面的小智则打开图鉴，利用导航定位确认自己的目标。
但图鉴日常不在信号覆盖地段，显示持有者在未知地点。
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好在没过多久，去空中搜索的比雕便带着皮卡丘与小霞飞了回来。
“皮卡皮！”
刚一落地，皮卡丘便飞扑到了小智脸上。
“太好了皮卡丘，我还以为再也见不到你了！”
小霞：……
我是不是来的不是时候。
“小霞，你也没事吧！”
小霞摇了摇头，她还不至于独自一人就会遇到危险。
“幸亏醒来时波克比就在我附近……话说比雕只带回了我和皮卡丘，小刚他们不在吗？”
比雕摇了摇头，它暂时还没看到其他人。
不过在通往森林深处的方向，倒是还存在着许多不认识的人类。
智霞二人思索片刻，便决定沿着比雕发现人类的方位走去，向当地人询问自己所在的位置。
大概半小时后，两人抵达了群落生境公司在奥可雅森林中的调查营地。
营地中有许多科考人员，似乎是在对当地的水源进行调查。
根据小霞这位水属性专家所言，这里的水质的确好的出奇，比之城都地区的清澈崖矿泉水都毫不逊色。
两人来到营地后，向工作中的科研人员表明来意，便被带到了营地中一位留有蓝色长发的女研究员嘉莲身边。