根据小照的调查，湛蓝岛上的圈圈熊们全都没有进化现象。
熊大是它们中的孤本，这意味着除却满月之外，特殊的泥炭块也同样不可或缺。
因而周游将大量来自洗翠大地的泥炭块当作迷宫产物交给山梨博士，希望能利用科技的手段复刻出两百年前泥炭块中的特殊成分。
然而正当对圈圈熊、月月熊的研究如火如荼的展开之际，自遥远的缘朱市方向散发出的不详红光愈发显眼，甚至连身处湛蓝高地的三人也能感到其中散发的破灭之意。
决战就在眼前了。
当天深夜，熬不过山梨博士的小照换上睡衣，打算回房间玩会新发售的智能手机就上床休息。
不过由于对别院不太熟悉的缘故，她没能顺利回到周游为客人准备的房间，而是莫名来到了对方的收藏室。
“奇怪，这股感觉究竟是……”
冥冥之中，仿佛有什么特别的事物在吸引、在呼唤着她。
于是小照略过太古之白石、异星的陨石、记述奥义的卷轴、迷之金色触须、未知生物的化石等等价值连城的至宝，一路来到了收藏室的最深处。
那里正摆着一块平平无奇，却因不明原因与所有其他展品分开来存放，图案呈十字星嵌于棱形中的白色石板。
没来由的，小照竟感到一种不可思议的亲切之意。
随即她下意识伸手抚过未曾设下任何防护的石板，轻而易举地将其拾起。
察觉到背后的花纹与正面不同，又翻过来仔细查看。
石板背后并非花纹，而是一句以古代神奥语写就的铭文：
“其在所有的宇宙中，注视着宝可梦……与人？”
就在小照读出铭文的下一瞬间，平平无奇又极为亲切的石板忽然绽放万丈金光，不可名其状的伟力顿时笼罩了整个湛蓝高地！
另一方面，正在研究中的周游与山梨博士皆察觉到那股不可思议的力量，同时望向其来源方位。
而当意识到问题严重性的周游与山梨博士急忙来到收藏室时，那股突然出现的神秘力量又莫名的消失不见。
与之同时失踪的，是不久前才刚刚告别二人回去休息的小照……
“小照！”山梨博士焦急地大喊，他惊悚地发现那个懂事又博闻强识的女孩消失了！
博士身旁，得当时目击了一切的太古白石告知真相的周游则望向收藏室尽头。
消失的不仅仅是小照与那股不可思议的力量，还有被他摆在房间里供起来的传说石板……
……
同一时间，不可思议的迷宫中，时限之塔第19层。
“大家准备好了吗，前面不远处就是通往塔顶的入口了。”
经历了无止境的迷路与漫长的冒险后，在距离下一层入口的房间只剩下一条通道时，戴着帽子的皮卡丘怀揣着紧张的心情回首望向众精灵。
把自己从海滩上捡回家的搭档在这趟旅行中渐渐变得坚强起来，在不久前的战斗中绽放出崭新的姿态，进化成为一种前所未有的粉色缎带伊布。
一直将众人护在身前的小次郎重拾自我，进化成为威风凛凛的风速狗。
遇事就冲在前方的武藏回想起对精灵的热爱，进化成为可靠的幸福蛋。
喵喵嘛……还是那个喵喵，但是似乎获得了铁的意志与钢的强韧？
在不可思议的迷宫的探险中，大家都得到了不小的成长，就连小智自己也稍微没那么莽撞。